پایتون - 117746
سه روز پیش منتشر شده
تعداد بازدید: 164
کد پروژه: 617750
شرح پروژه
سلام
شما کار بیوانفورماتیک هم انجام میدید؟
سلام یکی از موضوعات بالا رو میخاستم کار کنید
مواد و روشها (Materials and Methods)
۲.۱. بازیابی و بازسازی مدل:
مدل متابولیک iCZ946 از پایگاههای داده معتبر (مانند BiGG Models) استخراج و با استفاده از زبان برنامهنویسی پایتون و کتابخانه COBRApy بارگذاری میشود. واکنشهای مربوط به مسیرهای سنتز بیواستیمولانتها (اکسین، پلیساکارید و آمینواسیدها) در مدل بررسی و در صورت نیاز اضافه میشوند.
۲.۲. شبیهسازی و آنالیز فلاکس:
برای پیشبینی توزیع فلاکس در شبکه، از روش آنالیز توازن فلاکس (FBA) استفاده میشود. تابع هدف به گونهای تنظیم میشود که بیشینهسازی تولید بیومس و همزمان بیشینهسازی تولید بیواستیمولانت هدف را دنبال کند. سپس آنالیز تغییرپذیری فلاکس (FVA) برای تعیین انعطافپذیری مسیرها انجام میشود.
۲.۳. شناسایی اهداف مهندسی متابولیک:
برای یافتن بهترین استراتژیهای مهندسی، از الگوریتمهای بهینهسازی مانند OptKnock و OptForce استفاده میشود. این الگوریتمها ژنهایی را شناسایی میکنند که حذف آنها (Knockout) یا افزایش بیان آنها، باعث تغییر مسیر کربن به سمت تولید بیواستیمولانتها میشود.
۳. نتایج مورد انتظار (Expected Results)
پیشبینی میشود که مدل بازسازی شده قادر به شناسایی گلوگاههای متابولیکی (Bottlenecks) در مسیر تولید بیواستیمولانتها باشد. انتظار میرود الگوریتمهای بهینهسازی، چندین ژن هدف کاندید را معرفی کنند که حذف آنها منجر به افزایش سرعت تولید (Flux) پیشسازهای اکسین (مانند تریپتوفان) و آمینواسیدهای ضروری شود. همچنین، مدل نشان خواهد داد که تغییر در نسبت منبع کربن به نیتروژن (C/N Ratio) در محیط کشت، چگونه بر تولید این متابولیتها تأثیر میگذارد.
این توضیحات برای موضوع ۱ هست👆
نرمافزار COBRApy و زبان پایتون
به زبان انگلیسی
شما خودتون این مقاله رو در ژورنال مدنظر من چاپ میکنید؟
میخام که نوآوری اصلی کار بیشتر روی مدلسازی متابولیک و بیوتکنولوژی ریزجلبکها متمرکز باشد.
پیشبینی میشود که مدل بازسازی شده قادر به شناسایی گلوگاههای متابولیکی (Bottlenecks) در مسیر تولید بیواستیمولانتها باشد. انتظار میرود الگوریتمهای بهینهسازی، چندین ژن هدف کاندید را معرفی کنند که حذف آنها منجر به افزایش سرعت تولید (Flux) پیشسازهای اکسین (مانند تریپتوفان) و آمینواسیدهای ضروری شود. همچنین، مدل نشان خواهد داد که تغییر در نسبت منبع کربن به نیتروژن (C/N Ratio) در محیط کشت، چگونه بر تولید این متابولیتها تأثیر میگذارد.
هدف پروژه این هست👆
این پروژه شامل 3 فایل مهم است، لطفا قبل از ارسال پیشنهاد حتما نسبت به بررسی این فایل اقدام فرمایید.
مهارت ها و تخصص های مورد نیاز
بودجه
25,000 تومان تا 500,000 تومان
مهلت برای انجام
2روز
وضعیت مناقصه
باز (آماده دریافت پیشنهاد)
درباره کارفرما
عضویت چهار سال پیش
